¿Las horas extras, comisiones y auxilio de transporte hacen parte de la base para liquidar la prima de servicios?

Sí. Las horas extras y las comisiones son pagos que por su naturaleza son remunerativos, constituyen salario y en ese sentido deben conformar la base sobre la que se liquida la prima de servicios.

El auxilio de transporte no tiene naturaleza salarial pero por una ficción legal (artículo 7 de la ley 1 de 1963) se debe incluir en la base para liquidar la prima de servicios.